Czas największej działalności bł. O. Honorata zbiegł się z okresem zaborów i represji po powstaniu styczniowym. Okres wytężonej pracy duszpasterskiej został gwałtownie przerwany kasatą zakonów. Wywieziony nocą 28/29 XI 1864 roku wraz z całą wspólnotą do klasztoru w Zakroczymiu (był to swego rodzaj obozu internowania dla zakonników), nie załamał się na duchu, przeciwnie, podtrzymywał współbraci i stanowczo sprzeciwiał się ucieczce za granicę.
W nowych, upokarzających warunkach, pozbawiony możliwości działań duszpasterskich, pogrążył się w modlitwie i rozmyślaniu. Według jego osobistych notatek, modlił się okresami nawet po 8 godzin dziennie.
Do kościoła kapucynów w Zakroczymiu przybywało coraz więcej penitentów, korzystających z posługi o. Honorata. Wielu młodych ludzi borykało się z pytaniem, o to jak zrealizować swoje pragnienie oddania życia na wyłączną służbę Bogu, gdyż obowiązywał zakaz przyjmowania kandydatów do zgromadzeń zakonnych. Odpowiedź przyszła w rozważaniu życia ukrytego Rodziny z Nazaretu. Jak zauważył o. Honorat, ani Maryja, ani św. Józef nie wyróżniali się szczególnym mieszkaniem, strojem, obyczajami od innych ludzi. A przecież ich życie było całkowicie oddane Jezusowi! Sam Jezus nie szukał rozgłosu, ale mówił o sobie, że jest cichy i pokornego serca. Jeżeli sam Jezus aż trzydzieści lat swojego życia na ziemi spędził w ukryciu, to jest to również tajemnica do naśladowania!
Odpowiadając na te znaki bł. Honorat założył 23 zgromadzenia zakonne. Członkowie tych zgromadzeń żyjąc wśród ludzi, w podobnych jak wszyscy warunkach społecznych, bez ujawniania światu swego powołania, zachowywali śluby zakonne i zanosili Ewangelię do wszystkich miejsc i ludzi.
